Od 1 marca 2017 r. w wyniku reformy administracji skarbowej doszło do wyodrębnienia dwóch rodzajów kontroli podatników. Pierwszym z nich jest kontrola podatkowa prowadzona przez Naczelnika Urzędu Skarbowego uregulowana w przepisach Ordynacji podatkowej. Drugi rodzaj to kontrola celno-skarbowa, wykonywana na podstawie przepisów ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej.