Brak jednolitego sposobu pozyskiwania pieniędzy od kierowców przemierzających UE i państwa będące poza Wspólnotą, powoduje rozbieżności i wątpliwości, co do traktowania tego rodzaju opłat z punktu widzenia podatku VAT. Zdarzają się sytuację, że w ramach jednego kraju, opłata za przejazd jednym odcinkiem autostrady ma odmienne skutki podatkowe niż przejazd innym odcinkiem tej drogi.