Dynamiczny rozwój lotniska oraz wzrost ruchu pasażerskiego i towarowego przyniósł zmiany w organizacji Służby Celnej w Porcie Lotniczym Katowice-Pyrzowice. Od 15 września 2016 roku na śląskim lotnisku działają dwa odrębne oddziały celne: Oddział Celny Towarowy Port Lotniczy Katowice-Pyrzowice (PL3310340), Oddział Celny Osobowy Port Lotniczy Katowice-Pyrzowice (PL331050).